ある夕刻、吉田兼好の庵に美しい娘が訪ねる。娘の名は小坂部。兼好を訪れたのは、塩冶判官高貞の妻に対する恋情に悩む父・高師直のために、恋文の代筆を頼むためだった。
小坂部が携えてきた文を喜んだ師直は、娘の「思い人と結婚したい」という願いを聞き入れる。小坂部の思い人は、家臣の若侍・本庄采女だった。
しかし小坂部の兄・師冬は妹に有力者との結婚望んでおり、采女との結婚には反対だった。
件の恋文は塩冶の妻に届けられた。小坂部は返歌の内容が拒絶を意味していると察したが、師直にはその本意をくみ取れない。
小坂部が今一度兼好法師に相談しようと出掛けた道すがら、一行は『眇目の唐人』と呼ばれる奇妙な男と出会う。
唐人は「神のお告げにより、小坂部を訊ね来た」と云う。侍女たちに追い払われた唐人は、呪詛らしき言葉を唱えつつ姿を消す。
小坂部が留守にしている間、返歌の本意を侍従が師直に告げてしまった。
兼好法師の留守宅から戻った小坂部に、師直は「（恋を）思い切った証拠は一日か二日のうちによう判る」と告げる。
師直は部下達を招集し、将軍足利尊氏の館へ出仕した。塩冶判官を謀叛人と讒訴し、妻を奪おうと画策したのだ。
兄・師冬が塩冶討伐に反対して父に退けられたと聞き、小坂部も父を諌めようと努めるが、師直は聞く耳を持たない。
小坂部は本庄采女を伴って屋敷を出て行く。行き先は塩冶の屋敷。小坂部は塩冶判官の妻に次第を告げた。
その帰り道、またしても『眇目の唐人』が現れる。小坂部は不安を感じつつ、兄・師冬の元へ身を寄せる。小坂部に采女との結婚を諦めるよう説得する師冬。
小坂部が屋敷に戻ろうとしたとき、娘の裏切りを知り怒り狂った父の刺客が彼女を襲う。
そこに『眇目の唐人』が現れ、小坂部達を救い出す。
近隣の村が焼かれ、小坂部は父の所行を悲しみ、父の元へは戻らないと決心する。
師直の部下が小坂部を探し、捕らえようとする。小坂部は自ら懐剣を持って抵抗する。采女も奮戦したが倒れされる。小坂部は『眇目の唐人』の手引きで漸く落ち延びる。
小坂部が辿り着いたのは蝙蝠と梟が棲む姫山の城。『眇目の唐人』は小坂部に「あの天主閣がお身の棲家」と告げる。
さらに『眇目の唐人』は高師直・師冬親子の哀れな死を予言し、自身を「夜叉羅刹・阿修羅の呪いをもって、幸いを禍いとし、治世を乱世にする」存在であるという。そして小坂部を「いにしえの玉藻の前に匹敵する悪魔の徒党」と断じる。
小坂部が拒絶し「死んだ采女を生かして返せ」と云えば、眼前に采女の幻が現れる。
采女の蘇りの引き替えに仲間となれと迫る『眇目の唐人』。采女の幻もそれを勧める。
小坂部は云われるままに血盃をすすった。
その後、高師冬は討死、高師直は謀殺された。
時は流れ、江戸。姫路藩主となった松平忠明が江戸城へ登ると、将軍家光は彼に「天主閣を守り神として疎略にするな」と命じた。
代々の城主がこの守神を篤く奉ったが故に、徳川時代二百六十余年の太平が続いたという。