質問主さんはおそらくシステムエンジニアかプログラマさんでしょう。
独自システムを開発して完了メールを自動送信するようにしたら、
「めーらーだえもんさん（mailer-daemon）からのお返事」の数が予想以上だったとのこと。

この事態の理由として考えられるのは
１．登録時にニセのメアドを突っ込む輩が案外多い
２．システム・プログラム側に何らかの問題がある
という２点。
そこで、他のサーチ管理者の場合はどんな按配かをリサーチすることになったようです。
他のサーチでも不着で戻ってくるメールが多いようなら、システム的な問題じゃないんだろうと。
そうでなければシステムや環境を調べてみる必要が有るだろうと。

yomi-search使いの一人としてはちょっと興味深い質問ですので、成り行きを見守ってみようかと思っております。

ちなみにうちのサイトの場合、ほとんどエラーメールは有りません。

もっとも、うちのような専門サーチの場合は、
一般的なサーチとは勝手が違うところがありますから
サンプルにはならないんじゃないかとおもわれますので、
質問主さんへの回答はとりあえず控えておきますです。